จากรัชสมัยของพระยาอินทิรา แห่งราชวงศ์ RAJA WANGSA ซึ่งพระองค์เข้ายอมรับในศาสนาอิสลาม และมีพระนามว่า สุลต่าน อิสมาแอล ชาห์ซึ่งตามประวัติศาสตร์แล้ว มัสยิดกรือเซ๊ะ ไม่ได้ถูกสร้างโดยลิ้มโต๊ะเคียม เหมือนกับตำนานของเจ้าแม่ลิ้มกอเหนี่ยว ที่ได้รับบอกเล่าต่อๆ กันมา หรือตามตำนานที่ได้ถูกบันทึกในวารสาร อสท.ของ ททท. และมัสยิดกรือเซ๊ะไม่ได้ถูกฟ้าผ่า เนื่องจากคำสาปแช่งของนางสาวลิ้มกอเหนี่ยวหรือหลิมกอเนี่ยว ที่ผูกคอตายที่ต้นมะม่วงหิมพานต์ริมชายหาดตันหยงลูโล๊ะ ดั่งที่ตำนานได้บอกกล่าวไว้ ที่ว่า“เมื่อนางไม่สามารถชวน ลิ้มโต๊ะเคี่ยมหรือหลิมเต้าเคียน ผู้เป็นพี่ชายกลับเมืองจีนเพื่อไปดูแลแม่ที่ชราได้ นางจึงเกิดความน้อยเนื้อต่ำใจ ได้ตัดสินใจผูกคอตายกับต้นมะม่วงหิมพานต์ (ยาโหง่ย,ยาร่วง,ยาหมู) พร้อมทั้งได้อาฆาตพยาบาทต่อมัสยิดกรือเซะที่เป็นต้นเหตุให้พี่ชายไม่สามารถกลับเมืองจีนพร้อมกับนางได้ นางจึงได้ตั้งจิตอธิฐานว่า ขอให้มัสยิดหลังนี้มีอันเป็นไปในทุกๆครั้งที่มีการก่อสร้างหรือสร้างเสร็จ จากนั้นก็ได้มีฟ้าคะนองพร้อมกับได้มีอสนีบาตฟาดลงบนโดมมัสยิดพังพินาศเสียหาย ชาวมุสลิมต่างเกรงกลัวต่ออิทธิฤทธิ์ของนางลิ้มกอเหนี่ยวไม่กล้าที่จะกลับมาสร้างต่อ และครั้งใดก็ตามที่ชาวมุสลิมคิดที่จะบูรณะมัสยิดหลังนี้ เมื่อทำการบูรณะเสร็จก็จะโดนฟ้าผ่าทุกครั้งไป จนชาวมุสลิมไม่กล้าบูรณะมัสยิดหลังนี้อีกต่อไปและปล่อยให้มัสยิดรกร้างตั้งแต่นั้นมา ด้วยเพราะความเกรงกลัวต่ออำนาจอิทธิฤทธิ์ของนางสาวลิ้มกอเหนี่ยว หรือเจ้าแม่ลิ้มกอเหนี่ยวในปัจจุบัน”